Il forte risale al periodo pisano (XI-XIII secolo);  il suo nome deriva dal Banco di San Giorgio che nel XVI secolo ne ampliò la struttura in seguito alla decisione  di aumentare le difese dell'isola contro  gli attacchi saraceni. Nel 1516, nello stesso periodo in cui fu ampliata la struttura della fortezza, furono costruite anche la Torre del Porto e la Torre dello Zenobito. Le ingenti spese sostenute costrinsero il Banco a vendere l'isola alla Repubblica di Genova nel 1562.

Alla base del forte un'area archeologica, unica nel suo genere, impreziosisce ulterirmente il forte stesso: resti di antichi palmenti romani scavati nel tufo.
All'ingresso una lapide in marmo raffigura San Giorgio ed il drago.